アクアリウムを始める時の最初の試練は、水槽立ち上げ時の「水づくり」です。立派なろ過装置（フィルター）を設置しても中にバクテリアが生存していないと意味がありません。バクテリアが住む水槽は、ピカピカの水です。
水づくりの目的は、シュリンプの排泄物や、エサの食べ残し、死骸から発生するアンモニアを。バクテリアの力を借りて比較的無害な物質（硝酸塩）に分解することです。
立ち上げた水槽にパイロットフィッシュ（低価格で丈夫な魚）を飼育して、アンモニアをさすことで、ろ過バクテリアを繁殖させます。バクテリアが増殖してシュリンプを投入できるようになるまで一ヶ月程掛かります。バクテリアの種類も多く憶えるのは大変ですが、下の表かりイメージして下さい。
水づくりのサイクルは、好気性バクテリアでの働きで
・アンモニア→ 亜硝酸塩 → 硝酸塩 → 1/3水替え(週一回)
を繰り返します。
硝酸塩を更に無害化すれば、水替えは不要になります。その方法で考えられることは、嫌気性バクテリア（シュウドモナス等）を（酸素のない環境で生存）発生させて硝酸塩を分解させることができます。但し嫌気性バクテリアは、副産物である有害な硫化水素(卵が腐ったような臭いがする）が発生するものが多く、水槽内の環境で実現することは危険をともないま。安全な方法では、硝酸塩は水草の肥料になりますので、水草を茂らせて時々間引くことが考えられますが、美観を損なうので現実的ではありません。（水替えがベストです）
